본캠프_20주차(목)_TIL(PPT 제작 & 대시보드 기능 구현)

✅ 오늘 한 것

PPT 제작 & 대시보드 기능 구현

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✏️ 오늘 배운 점

대시보드 기능 구현

ESM-2 Attention Map

Attention Map: 서열 내의 모든 아미노산 쌍 사이의 관계를 계산하여 각 아미노산이 다른 아미노산들에 주는 가중치를 N x N 행렬 형태로 나타낸 것

제공되는 Antigen 서열에서 아미노산 간의 물리적인 상호작용에 의해 강한 어텐션을 형성하고 있다면 양성이라고 판단할 수 있을 안정적인 결합 부위라고 판단했다고 전달함.

사용 이유: Attention Map은 에피토프 후보군 내에서 물리화학적 결합을 주도하는 핵심 잔기(Key Residues)들 사이의 네트워크를 알려주어 모델 판단의 생물학적 타당성을 입증하는 근거로 사용할 수 있다.

 

In-silico Mutagenesis

실제 실험실(Wet-lab)에서 유전자를 조작해 아미노산을 바꾸는 과정을 컴퓨터(In-silico) 시뮬레이션으로 재현가는 기법

주로 Alanine Scanning을 사용하며 아미노산을 Alanine(A)로 교체하였을 때 예측 점수의 변화가 얼마나 있는지 확인하는 방식으로 진행된다. 이때 점수가 많이 깎이는 위치가 Epitope가 양성이라고 판단한 항체 결합의 물리적 핵심 근거가 된다.

 

ESM-2 Attention Map & In-silico Mutagenesis

Attention Map은 특정 아미노산에 높은 가중치에 집중하여 해당되는 잔기가 결합의 핵심 후보로 주시하고, Mutagenesis는 아미노산 잔기 변이 시 점수가 급락하는 잔기를 확인하여 점수가 급락하는 잔기가 실제로 예측 결과를 결정짓는 핵심 후보라고 찾는다.

두 지표를 종합하여 공통적으로 지목하는 지점이 Epitope가 양성이라고 선택하게 된 핵심 후보가 되는 것이며 이를 거치면 물리적 근거가 입증된 확정적인 핵심 잔기가 되는 것이다.

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✏️ 오늘의 질문

1. IEDB가 뭐야?

알레르기, 감염성 질환, 자가면역 질환 및 이식과 관련된 항체(B-cell) 및 T세포 에피토프에 대한 실험 데이터를 수집하고 분석 도구를 제공하는 세계적인 공공 데이터베이스

 

2. B-cell과 T-cell의 차이가 뭐야?

구분	B-cell	T-cell
핵심 역할	항체(Antibody) 생산	감염된 세포 직접 파괴 또는 면역 지휘
면역 유형	체액성 면역(혈액/체액 내 병원균 공격)	세포성 면역(세포 내부 병원균 공격)
항원 인식	항원의 3차원 구조를 직접 인식	MHC가 제시하는 선형 펩타이드 조각만 인식

 

3. Metadata가 뭐야?

데이터를 설명하고 분류하고 관리하기 위해 붙어 있는 속성 정보나 꼬리표를 의미

진행하고 있는 최종 프로젝트에서는 실제 데이터(Epitope, Antigen)을 설명하기 위한 데이터(Assay, Method, Disease, State)

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📌추가로 해야 할 점

PPT 제작 & 대시보드 기능 구현